seq信令分析-qsig信令

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本文目录一览：

• 1、wireshark抓包,异常数据分析常见RST介绍
• 2、ChIP-Seq分析之ChIPQC结果含义
• 3、RNA-Seq数据分析——原始数据质量控制(QC)
• 4、ATAC-seq专题---生信分析流程
• 5、TCP协议中的seq/ack序号是如何变化的?

wireshark抓包,异常数据分析常见RST介绍

首先我们打开wireshark软件的主界面，在主界面上选择网卡，然后点击start。wireshark即进入抓包分析过程。在本篇我们选择以太网，进行抓包。接下来再界面我们可以看到wireshark抓到的实时数据包。我们对数据包的各个字段进行解释。

分析HTTP请求和响应：用户可以通过Wireshark分析HTTP请求和响应的过程，查看HTTP头部的具体内容，了解HTTP请求和响应的状态码、请求方法、请求URL等信息，从而判断是否存在异常或者性能瓶颈。

tcp.***ysis.retran***ission：显示抓包中的所有重传。如果重传次数不多的话还是正常的，过多重传可能有问题。这通常意味着应用性能缓慢和/或用户报文丢失。tcp.***ysis.window_update：将传输过程中的TCP window大小图形化。

在电脑中，打开wireshark软件。点击抓取网络接口卡选择按钮，选择需要抓取的网卡接口。如果不确定是那个网络接口，则可以看packes项数据变化最多接口，选中它然后点击＂start开始抓包。

进制数据 “解析器”在Wireshark中也被叫做“16进制数据查看面板”。这里显示的内容与“封包详细信息”中相同，只是改为以16进制的格式表述。

ChIP-Seq分析之ChIPQC结果含义

1、No。指有某个序列大量出现（fastqc的标准是0.1%以上）一般有在前面GC图能看出来。横轴表示碱基位置，纵轴表示百分比。当fastqc分析时没有选择参数-a adapter list时，默认使用图例中的4种通用adapter序列进行统计。

2、ChIP-seq代表“染色质免疫沉淀结合高通量测序”它能识别基因组中蛋白质结合的位置。例如，我们想要识别基因组中所有被 绿色的东西 结合的区域。

3、ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。

4、这里需要知道，ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白，进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。理论上，只要抗体设计的好，与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。

5、在ChIP-seq峰图中，y轴代表ChIP-seq的信号强度，x轴代表基因组坐标。基因组的某个位置蛋白质结合的概率越大，检测到的DNA片段堆叠就会越高，在峰图中，峰值就会越高。

6、相比chip-chip，chip-seq提供了更高的分辨率，更少的noise以及更大的覆盖度。随着二代测序成本的快速下降，chip-seq将成为研究基因表达调控和表观遗传学必不可少的工具之一。

RNA-Seq数据分析——原始数据质量控制(QC)

RNA-Seq原始数据质量控制（QC）是非常重要的一个环节，由于各种原因，例如测序平台、实验操作等，原始测序数据可能存在不少问题，如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续分析的准确性，需要先进行质量控制。

我们现在拥有评估数据所需的质量指标，同时还需要将其他信息添加到QC指标的元数据中，例如 cell ID、 条件信息 和其它各种指标。

RNA-seq数据分析是一个复杂的过程，主要分为以下步骤：数据质量控制：检查原始测序数据的质量，去除低质量的读段（reads）。序列比对：将质量控制后的读段与参考基因组或转录本数据库比对，以确定它们的位置。

该版本没有事先进行质量控制，因此我们可以应用。 我们使用几种常见的QC指标，根据表达谱来鉴定低质量的细胞。

multiqc可以整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。安装：运行：multiqc可以自动检测到文件中可以整合在一起的文件，运行也很简单。

根据fastqc的报告，如果是RNA数据尾巴较多的情况，最好再去一次PolyA尾巴，少就不用了。Trim Galore 合并了FastQC和Cutadapt到一个程序中。它的优势在于它可以根据FastQC分析的个体质量对每个reads进行修剪。

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。

ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。

相比起来，ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简单，而且只需要很少的细胞/组织量，同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。

TCP协议中的seq/ack序号是如何变化的?

可以看到的是，从【7】开始，client端这边就只负责做响应，发送ACK数据包，而并没有实际的数据发送到server端。

第一次握手：Client将标志位SYN置为1，随机产生一个值seq=J，并将该数据包发送给Server，Client进入SYN_SENT状态，等待Server确认。

seq和ack号存在于TCP报文段的首部中，seq是序号，ack是确认号，大小均为4字节。seq：占 4 字节，序号范围[0，2^32-1]，序号增加到 2^32-1 后，下个序号又回到 0。

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